राष्ट्रीय जांच एजेंसी (एनआईए) ने विशेष एनआईए अदालत को बताया कि उसने 2008 के मालेगांव विस्फोट मामले में साक्ष्य दर्ज करने की प्रक्रिया पूरी कर ली है।एनआईए को बयान दर्ज करने के लिए किसी अतिरिक्त गवाह की आवश्यकता नहीं है।पूरे मुकदमे के दौरान, एनआईए ने 323 गवाहों के बयान दर्ज किए हैं, और विशेष रूप से, कार्यवाही के दौरान 37 गवाह मुकर गए थे। विशेष अदालत आज से सीआरपीसी 313 के तहत आरोपियों के बयान दर्ज करने की प्रक्रिया शुरू करेगी। यदि कोई आरोपी चाहता है कि कोई गवाह अपने मामले के समर्थन में बयान दे, तो वह सीआरपीसी 313 प्रक्रिया के दौरान अदालत से अनुरोध कर सकता है।
इसी साल अप्रैल में मालेगांव 2008 विस्फोट मामले में दो अधिकारियों के बयान दर्ज होने थे।हालाँकि, कानूनी और तकनीकी मुद्दों के कारण ये बयान दर्ज नहीं किए जा सके। सेवानिवृत्त एनआईए अधिकारियों में से एक ने पहले बयान दिया था जब मामला महाराष्ट्र एटीएस से एनआईए को स्थानांतरित किया गया था। 15 अप्रैल को, उन्हें एक नया बयान दर्ज करना था, लेकिन चूंकि सभी गवाहों ने अदालत में अपने बयानों की पुष्टि की थी, इसलिए अधिकारी से जिरह करने की कोई आवश्यकता नहीं थी।
अभियोजन पक्ष को तकनीकी समस्याओं का भी सामना करना पड़ा जिसने एक अन्य गवाह, जो एटीएस अधिकारी था, को निर्धारित तिथि पर गवाही देने से रोक दिया। इस गवाह को बाद की तारीख में अपना बयान दर्ज कराने के लिए बुलाया जाएगा।मालेगांव 2008 विस्फोट मामला 29 सितंबर, 2008 की एक घटना से संबंधित है, जिसमें महाराष्ट्र के मालेगांव शहर में एक मोटरसाइकिल पर लगाए गए विस्फोटक उपकरण में विस्फोट होने से छह लोगों की मौत हो गई थी और 100 से अधिक अन्य घायल हो गए थे।
अप्रैल में, एक विशेष एनआईए अदालत ने एक एटीएस अधिकारी के खिलाफ 10,000 रुपये का जमानती वारंट जारी किया, जो मुकदमे में अपना बयान दर्ज कराने के लिए बार-बार उपस्थित होने में विफल रहा। यह अधिकारी प्रारंभिक एटीएस जांच टीम का हिस्सा था और उसने मामले में कई गवाहों के बयान दर्ज किए थे।
मार्च में, सुप्रीम कोर्ट ने लेफ्टिनेंट कर्नल प्रसाद पुरोहित की एक याचिका को खारिज कर दिया, जिसमें मालेगांव 2008 विस्फोट मामले से आरोपमुक्त करने की मांग वाली उनकी याचिका को खारिज करने के बॉम्बे हाई कोर्ट के फैसले को चुनौती दी गई थी। पुरोहित की याचिका इस तर्क पर आधारित थी कि मामले में मुकदमा चलाने के लिए उनके पास सीआरपीसी की धारा 197(2) के तहत भारतीय सेना से आवश्यक मंजूरी नहीं थी। हालाँकि, सुप्रीम कोर्ट ने हाई कोर्ट के फैसले को बरकरार रखते हुए कहा कि उनके खिलाफ मुकदमा चलाने के लिए मंजूरी की आवश्यकता नहीं थी क्योंकि कथित आचरण उनके आधिकारिक कर्तव्यों से संबंधित नहीं था।
महाराष्ट्र एटीएस ने मालेगांव 2008 विस्फोट मामले में अपनी पहली गिरफ्तारी 23 अक्टूबर 2008 को की थी, जब भाजपा सांसद साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर को पकड़ा गया था। इसके बाद, मामले के सिलसिले में समीर कुलकर्णी, सेवानिवृत्त मेजर रमेश उपाध्याय, सुधाकर चतुवेर्दी, अजय राहिलकर और सुधाकर चतुवेर्दी सहित अन्य व्यक्तियों को भी गिरफ्तार किया गया। एटीएस ने जनवरी 2009 में आरोप पत्र दायर किया और अप्रैल 2011 में केंद्र सरकार ने मामले की जांच एनआईए को स्थानांतरित कर दी थी।